في ضوء رسالة الهيئة فإن الهدف العام لقطاع التعليم الأزهري بشقيه الجامعي وقبل الجامعي هو :
"الارتقاء بجودة التعليم والتطوير المستمر للمعاهد الأزهرية وكليات جامعة الأزهر، واعتماد مؤسساته التي تستوفي مستويات الجودة المنشودة من خلال نظم وإجراءات تتسم بالاستقلالية والعدالة والشفافية"
ولتحقيق هذا الهدف العام يسعي قطاع التعليم الأزهري بتنفيذ مجموعة من الأهداف الإجرائية وهي كما يلي:
- الارتقاء بجودة التعليم في المعاهد الأزهرية وكليات جامعة الأزهر من خلال:
- نشر ثقافة الجودة بين أعضاء هيئة التدريس والمدرسين والطلاب والعاملين في المعاهد الأزهرية وجامعة الأزهر.
- تقديم الهيئة الدعم الفني لمؤسسات التعليم الأزهري في مجال تنمية القدرات البشرية من خلال البرامج التدريبية التي تسهم في تنمية الكوادر البشرية القادرة علي تطبيق نظم الجودة.
- تقديم الهيئة الخبرات و الاستشارات الفنية في مجال إدارة المؤسسات التعليمية ونظم ضمان الجودة بها.
- دعم الهيئة إنشاء مراكز لضمان الجودة بالمؤسسات التعليمية.
- نشر أدلة مفصله عن الممارسات التطبيقية الجيدة، ومتطلبات الجودة الكمية، ودور مراكز ضمان الجودة في الكليات والمعاهد والمعده من قبل الهيئة.
- نشر الوثائق الخاصة بالمعايير الأكاديمية المرجعية لبرامج العلوم الشرعية التي تختص بها المعاهد الأزهرية وكليات جامعة الأزهر بالإضافة للمشاركة في إعداد الوثائق الأخرى الخاصة بمختلف العلوم الإنسانية والتطبيقية.
- اعتماد الهيئة مؤسسات التعليم الأزهري قبل الجامعي وكليات جامعة الأزهر وفقاً لمعايير الاعتماد السارية علي مؤسسات التعليم الجامعي وقبل الجامعي الغير أزهريه. وذلك طبقاً للمعايير المعده من قبل الهيئة وهي:
- دليل الدراسة الذاتية للاعتماد المؤسسات الجامعية.
- دليل الدراسة الذاتية لاعتماد البرامج التعليمية الجامعية.
- وثيقة معايير ضمان الجودة والاعتماد لمؤسسات التعليم قبل الجامعي.
- دليل التقييم الذاتي لمؤسسات التعليم قبل الجامعي.